En San Juan de Pasto se ha desarrollado una amplia cultura deportiva, tanto recreativa como competitiva. El fútbol es uno de los principales deportes que se practica en la ciudad desde noviembre de 1909 cuando Leslie Osmond Spain, ciudadano inglés que visitaba la comarca con motivos comerciales, organiza un partido de fútbol en una improvisada cancha del Barrio de San Andrés, y a los tres meses de su permanencia en la ciudad conformó el primer equipo de fútbol.
La ciudad es sede del Deportivo Pasto, equipo fundado en 1949, que permaneció por fuera del profesionalismo hasta 1996 cuando ascendió a la Primera B; dos años después ascendió a la Primera A del fútbol profesional colombiano. En junio del año 2006 se coronó campeón ganando un cupo para competir en el 2007 por la Copa Libertadores. En el año 2009 logró el subcampeonato de la Copa Colombia, al perder desde los cobros de la pena máxima contra Santa Fe y en el mismo año descendió a la categoría B. Posteriormente, recupera su sitio en la categoría primera A en diciembre de 2011, cuando vence a Patriotas en la final de dicha categoría.
En el fútbol de salón los equipos Leones de Nariño en la rama masculina (el cual ha sido gran animador del certamen profesional) y las Águilas Nariñenses en la rama femenina son sus representantes en los respectivos torneos profesionales de microfútbol.
San Juan de Pasto es cuna de numerosos deportistas destacados, entre los cuales figuran el marchista Luis Fernando López (medallista en el Campeonato Mundial de Atletismo de 2011), los futbolistas Carlos Daniel Hidalgo (Goleador de la Copa Mundial de Fútbol Sub-17 del año 2003), el ciclista Carlos Campaña Ramírez (subcampeón de la Vuelta a Colombia de 1972), Jorge Vidal, Hernán Pantoja y Miguel Cabrera, entre otros.
En Pasto, como en otros municipios de Nariño y en algunas regiones de Ecuador, se practica un deporte tradicional, muy antiguo y sin parangón en otras regiones de Colombia llamado Chaza, un juego de pelota, semejante al tenis o a la pelota vasca, caracterizado por el uso de unas pesadas raquetas de madera y cuero denominadas bombos y que se juega por equipos, en una cancha rectangular de tierra.
Escenarios deportivos:
El Estadio Departamental Libertad, con capacidad para 18.000 espectadores.
El coliseo cubierto Sergio Antonio Ruano:
El coliseo cubierto de los Barrios Surorientales (usado principalmente para fútbol de salón, baloncesto y voleibol):
Unidad deportiva Pastusidad Tercer Milenio, que cuenta con patinódromo, pista de ciclismo y BMX ubicado en la vía al corregimiento de Obonuco.
El Club Tenis Pasto que cuenta con 6 canchas de polvo de ladrillo.
El Club Colombia con 6 canchas de tenis de polvo de ladrillo.
El Club del Comercio con 2 canchas de tenis de polvo de ladrillo.
Equipos de Pasto:
Pasto Tierra Cultural